Ответ:
Считаем, что данная таможенная операция не противоречит положениям п. 2 статьи 344 ТК ТС.

При принятии решения по аналогичным вопросам, таможенные органы принимают во внимание письмо ФТС России от 28.03.2014 года № 04-63/13951 «О перевозке между портами РФ». Однако,положения данного письма не могут быть применены, к ситуации в отношении т/х « М» на том основании, что Главное управление организации таможенного оформления и таможенного контроля, проводило проверочные мероприятия в отношении иностранных танкеров, ЗАФРАХТОВАННЫХ ООО «Трансбункер-Ново» (Россия), т.е. по основаниям, нарушения условий временного ввоза, предусмотренного п.1 пп.2 статьи 344 ТК ТС, а именно использование временно ввезенного транспортного средства, на таможенной территории российским лицом.

Применительно к заданному вопросу, считаем, что данная транспортная операция не противоречит положениям п. 2 статьи 344 ТК ТС по следующим основаниям:
1.Внутренняя перевозка по таможенной территории, в понятии п. 2 статьи 344 ТК ТС- это перевозка товаров по таможенной территории ( п. 1 статьи 2 ТК ТС) без пересечения таможенной границы ( п. 2 статьи 2 ТК ТС), на временно ввезенном транспортном средстве международной перевозки, с соблюдением условий пп.1,2 п. 1 статьи 342 ТК ТС.Причем временно ввезенным транспортное средство, считается с момента пересечения таможенной границы и на все время нахождения его, на таможенной территории ТС (п. 3 статьи 344 ТК ТС) «Временный ввоз транспортных средств международной перевозки завершается их вывозом с таможенной территории таможенного союза…».
Следовательно, т/х «M”, приняв для перевозки транзитный груз, произвел оформление таможенной операции убытия с таможенной территории и завершил временный ввоз транспортного средства. Дальнейший маршрут следования транспортного средства, по доставке груза в п. Находка, проходил вне таможенной территории ТС, что однозначно свидетельствует об отсутствии «внутренней перевозки» по таможенной территории ТС (п. 2 статьи 344 ТК ТС)
В таможенном законодательстве ТС отсутствует определение «перевозка или внутренняя перевозка», в то же время, используя положения с п.3 статьи 4 ТК ТС, п. 3 статьи 5 ФЗ- 311, можно использовать терминологию гражданского и иных отраслей законодательства («…все иные термины используются в 311- Федеральном законе в значениях, определенных законодательством РФ о налогах и сборах, гражданским законодательством РФ, законодательством Р Ф об административных правонарушениях и иным законодательством РФ.
В п. 2 ст. 784 ГК РФ ( общие положения о перевозке)законодатель закрепляет правило о соотношении норм ГК и иных нормативных правовых актов, посвященных перевозке. При этом приоритет в регулировании "общих условий перевозки" отдан транспортным уставам и кодексам, иным законам и издаваемым в соответствии с ними правилам. Среди таких актов основными являются: Воздушный кодекс РФ от 19 февраля 1997 г. (ВК), Кодекс торгового мореплавания РФ от 30 апреля 1999 г. (КТМ); Кодекс внутреннего водного транспорта РФ от 7 марта 2001 г. (КВВТ); Устав железнодорожного транспорта РФ от 10 января 2003 г. (УЖТ); Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта от 8 ноября 2007 г. (УАТ).
КТМ РФ (Глава VIII. Договор морской перевозки груза§ 1. Общие положения) предусматривает договоры перевозки во внутреннем и международном сообщении. Особенности международных перевозок обусловлены тем, что они, как правило, выполняются с пересечением государственной границы и регулируются положениями международных договоров в области транспорта. Перевозки между портами внутри страны на морском транспорте называются каботажем (ст. 4 КТМ РФ).
Положения статьи 4 КТМ РФ, предусматривают, что перевозки и буксировка в сообщении между морскими портами РФ, а также использование судов для осуществления иной деятельности, осуществляется во внутренних морских водах или в территориальном море РФ.
Таким образом, запрет на совершение таможенных операций для временно ввезенных морских транспортных средств по таможенной территории ТС, так называемая внутренняя перевозка (п. 2 статьи 344 ТК ТС), корреспондируется со статьей 4 КТМ РФ, также, предусматривающей движение морского транспортного средства без пересечения государственной границы РФ.
Важно иметь в виду, что перевозки и буксировка в сообщении между морскими портами РФ (каботаж) могут осуществляться судами, плавающими под флагом иностранного государства, а также судами, зарегистрированными в Российском международном реестре судов, в случае, если для перевозок и буксировки требуется специализированный флот, отсутствующий в составе судов, зарегистрированных в Государственном судовом реестре Р Ф, необходимо обеспечить срочные перевозки и буксировку и невозможно осуществить это судами, зарегистрированными в Государственном судовом реестре Р Ф.
Перевозки и буксировка в каботаже судами, плавающими под флагом иностранного государства, могут осуществляться только между портами, открытыми для захода иностранных судов. При этом, разрешение на перевозку и буксировку в каботаже судами, плавающими под флагом иностранного государства, а также судами, зарегистрированными в Российском международном реестре судов, выдается Федеральным агентством морского и речного транспорта в порядке, установленном Министерством транспорта РФ.
Судовладелец т/х «M» в соответствии со статьей 4 КТМ РФ и во исполнение постановления Правительства РФ от 24 мая 2012 года № 504, получил разрешение от Федерального агентства морского и речного транспорта РФ, на осуществление перевозки, а также иных видов деятельности в области торгового мореплавания судами, плавающими под флагом иностранного государства.
Для более полного понятия«внутренних морских перевозок», также необходимо применять положения следующих Федеральных Законов РФ:
- Статья 1 Кодекса внутреннего водного транспорта РФ от 7 марта 2001 г. N 24-ФЗ, которая
регулирует отношения, возникающие между организациями внутреннего водного транспорта Р Ф, грузоотправителями, грузополучателями, пассажирами и другими физическими и (или) юридическими лицами при осуществлении судоходства на внутренних водных путях РФ, и определяет их права, обязанности и ответственность.
- Статья 1 Федеральный закон от 31 июля 1998 г. N 155-ФЗ "О внутренних морских водах, территориальном море и прилежащей зоне Р Ф"
1. Внутренние морские воды Р Ф (далее - внутренние морские воды) - воды, расположенные в сторону берега от исходных линий, от которых отмеряется ширина территориального моря Российской Федерации.
Внутренние морские воды являются составной частью территории Российской Федерации.
Статья 2. Определение и границы территориального моря РФ, пункт 3. Внешняя граница территориального моря является Государственной границей РФ.

2. Кодекс об административных правонарушениях РФ к незаконным операциям с временно ввезенными транспортными средствами (статья 16.24 КоАП РФ), относит только перевозки по таможенной территории ТС, т.е. не связанные с пересечением таможенной (государственной) границы.
Аналогичный подход содержится и в Международной конвенции об упрощении и гармонизации таможенных процедур (Киото, 18 мая 1973 г.)(в редакции Протокола от 26.06.1999 г., Конвенция ратифицирована Федеральным законом от 03.11.2010 № 279-ФЗ.)
В специальном приложении J, главе 3 «Транспортные средства коммерческого пользования» содержаться рекомендации по практическому применению положений о «Временном допуске транспортных средств коммерческого пользования»: «В отношении транспортных средств коммерческого пользования, груженых или негруженых, должен быть разрешен временный ввоз на таможенную территорию с условным освобождением от уплаты импортных пошлин и налогов при условии, что такие транспортные средства коммерческого пользования не будут использоваться для внутренних перевозок на таможенной территории страны временного допуска».

3. Разберем тезис о том, что данное морское транспортное средство не относится к «транспортным средствам международной перевозки».
В таможенном законодательстве ТС отсутствует определение понятия- международная перевозка.
В различных законодательных актах, «международная перевозка» применяется в контексте конкретногоправоприменения.
К примеру,
-статья 309 НК РФ. Особенности налогообложения иностранных организаций, не осуществляющих деятельность через постоянное представительство в РФ и получающих доходы от источников в РФ
П. 8) доходы от международных перевозок (в том числе демереджи и прочие платежи, возникающие при перевозках). Под международными перевозками понимаются любые перевозки морским, речным или воздушным судном, автотранспортным средством или железнодорожным транспортом, за исключением случаев, когда перевозка осуществляется исключительно между пунктами, находящимися за пределами РФ.
- Статья 164 НК РФ. Налоговые ставки
П. 2.1) услуг по международной перевозке товаров.
В целях настоящей статьи под международными перевозками товаров понимаются перевозки товаров морскими, речными судами, судами смешанного (река - море) плавания, воздушными судами, железнодорожным транспортом и автотранспортными средствами, при которых пункт отправления или пункт назначения товаров расположен за пределами территории Российской Федерации.
- Статья 215 ТК ТС. Общие положения о таможенном транзите п. 6. «Для целей применения настоящей главы под транспортным средством международной перевозки понимается также транспортное средство, на котором товары перевозятся по таможенной территории таможенного союза, не покидая ее пределы».
Следовательно, ссылка на отсутствие, в данной ситуации, элементов международной перевозки, не является с правовой точки зрения, доказанной. Наличие множества определений, в различных отраслях права, понятия, «международная перевозка», дает основание предполагать, что они относятся к правоотношениям, регулируемым данными законодательными актами.
В то же время, таможенное законодательство ТС не содержит каких-либо санкций или ответственность за не совершение транспортными средствами международной перевозки грузов, пассажиров, багажа.

4. грамматическая конструкция п.2 статьи 344 ТК ТС, начинается с основного предложения- «На таможенной территории таможенного союза не допускается:…» и заканчивается двоеточием, что с учетом правил Грамматики русского языка ( параграф 161) о применении двоеточия, однозначно свидетельствует о приоритете фразы об использовании транспортных средств именно и только на таможенной территории («двоеточие ставится после предложения, за которым следует одно или несколько предложений, не соединенных с первым посредством союзов и заключающих в себе: б) основание, причина того, о чем говорится в первом предложении). Перечень ограничений, стоящих после двоеточия, уточняют и закрепляет ограничения по использованию временно ввезенных транспортных средств только на таможенной территории. Таких ограничений, непосредственно вытекающих из основного предложения- два. Одно, из них –это внутренняя перевозка.
Таким образом, ограничения по «внутренней перевозке», должны применяться, как непосредственно вытекающие из основного предложения, а именно, из «перевозки по таможенной территории».

5. В формулировке положений п. 2 статьи 344 ТК ТС, отсутствует таможенная терминология, предусматривающая пересечение таможенной границы ТС, а именно:
- термина «перемещение товаров через таможенную границу ТС» ( пп. 22 п. 1 статьи 4 ТК ТС);
- термина «ввоз товаров на таможенную территорию ТС» ( пп.3 п.1 статьи 4 ТК ТС);
- термина «вывоз товаров с таможенной территории ТС» ( пп. 4 п. 1 статьи 4 ТК ТС);
В п.2 статьи 344 ТК ТС применяются иные формулировки, как-то: «… использование для перевозки грузов, начинающейся и завершающейся на таможенной территории ТС».

Учитывая вышеизложенное, можно сделать вывод о том, что при совершении таможенных операций, связанных с прибытием и убытием т/х «M» с транзитным грузом, отсутствуют нарушения таможенного законодательства ТС, поскольку данная перевозка не осуществлялась по внутренней (таможенной) территории РФ.